到着すると病院は崩壊しかけており（なぜかは不明）、慌てるフラッシュ。バットマン連絡すると、バットマンはすでに強盗団を追跡していた。奪われたのは「死のウイルス」。使用されれば、大勢の犠牲者が生まれます。フラッシュは病院内の救助活動に徹することになる。

そんな時、病院の一部が崩壊し、新生児室が崩壊！！降り注ぐ赤ちゃんたち！！

フラッシュはすぐさま超速で助けようとするが、超速にはかなりの食事エネルギーを使うため、朝食を食べ損ねているフラッシュは思うように力が出せない。すると、降り注ぐ瓦礫の中からスナックの自販機を見つける。最後の力を振り絞って自販機からスナックを手に入れ、超速で摂取し、赤ちゃんたちを助けたのだった。

続いて、バットマンのターン。バットマンは強盗団をバイクで追跡。反撃を受けるもものともせず、強盗団を追い詰める。すると、架橋に到達し、追い詰められた強盗団は運転のコントロールを失い、車ごと川に落ちてしまう。このままでは「死のウイルス」が川に流れ出てしまいます。

慌てて、死のウイルスを持ったリーダーを捕らえますが、マシンが壊れてしまい、上に上がれず、落ちそうになります。そんなところをワンダーウーマンの助けが入り、間一髪で大災害を免れました。

主人公のバリーは母を救うために、未来を変える選択肢を取りました。その時はまだ甘い考えでちょっとした変化があそこまで大きな未来の変化につながってしまうとは考えなかったのもわかります。

というか、そうしないと、話が始まらないですからね（笑）

問題はそこからです。特にここからがネタバレですが、、、

結論としては母を救うことよりも元の未来を選んで、再度過去に戻り、元の過去に戻します。結果として、未来は元に戻ったかのように思われましたが、今度は有罪になるはずの父を救うためにトマト缶の配置位置を上にあげて、監視カメラが父の顔を捕らえるように仕向けます。

結果として父は無罪になります。

またも、未来に影響を与えてしまったバリー。未来は全員にあるものですから、幸福になる人もいれば、不幸になる人もいます。

懲りて未来を戻したにもかかわらず、また、身内のことだけを考えて、未来を変えてしまったことに、架空の話とはいえ若干幻滅してしまいました。

まぁ、普通の人は身内が幸せであればいいと思いますし、実際同じ立場なら、私もそうすると思いますので、人間らしいと言えば、人間らしいのかもしれまんせんね。

未来に戻り結果を確認するため、超速で時の空間に入るフラッシュ。時の流れを進め、元の未来へと時間が進んでいく。時の流れの風景には母が死ななかった場合の未来が流れ、感動するフラッシュであった。

その時、黒色の何者かが時の空間に現れ、フラッシュを襲撃。フラッシュ突き飛ばされ、時の空間から押し出されてしまう。出た先は、実家の前だった。

実感を覗くとそこには母の姿が！父も帰宅し、懐かしのスパゲティを食べながら、話を咲かしていると。窓の外に、帰宅してきたこの世界のバリー（以降、バリーA）の姿が見え、慌てて家を出て、戻ってきたバリーを捕らえる。

バリーAはバリーの姿を見て、マジックマッシュルームによる幻覚であると、バリーAに年齢を訪ねると18歳と言い、驚きのあまり失神します。バリーは現実に帰ってきたつもりが、まだ、中間地点であることが発覚します。

バリーAの部屋に行き、状況を把握します。バリーは超能力のことを教え、未来のことを教えます。バリーAはバリーと違い、陽気で楽観的な性格をしており、バリーはバリーAが超能力を使えるようになれば、将来、時空を崩してしますと考え、記憶を消すことを考えます。

殴って記憶を飛ばそうとするが、その時、バリーAからデートという言葉が、、、誰とか確認すると、アイリスとと言う。その時、雷雨が降り始め、何かを思い出したかのようにバリーAに日付を確認すると、9月29日であった。それは、バリーが雷に打たれて超能力を手に入れた日であった。

超能力をバリーAに手に入れてもらわないと、自分の超能力もなくなり、元の世界に戻れないと危惧したバリーはデートを無視してバリーAを雷に打たれた研究所に連れていく。

自分が雷に撃たれた時と同じ状況を作り出し、直前になってバリーAに雷に打たれる事実を伝えると怖気図いてしまい、取っ組み合いをしているうちにバリーとバリーAの両方が雷に打たれてしまった。バリーAの体が超速再生する姿を見て、超能力獲得を確信するバリー。

研究所を後にしようとばれないようにのびたバリーAを連れ帰ろうとするが、いつものように壁をすり抜けようとするもすり抜けられなくなっていた。バリーは超能力が使えなくなっていた。

何とか逃げ切り、部屋に戻った二人であったが、バリーAは超能力を獲得したことを知り、使い慣れていない能力で早くも騒ぎを起こす。

自力では未来に戻れなくなったバリーはバリーAの力で未来に戻るため、バリーAに超能力の使い方を教え、訓練することを決意する。

バリーAは時を超えることを主人公エリック・ストルツの「バック・トゥ・ザ・フューチャー」に例えるが、バリーは主人公はマイケル・J・フォックスであると訂正する。言い争いながら、街に出ると、電波ジャックによりテレビがジャックされる。

犯人はゾッド将軍であり、彼はもっと先の未来にスーパーマンによって倒されるはずの敵であった。ゾッドはスーパーマンを探しており、バリーは過去（未来）の経験から早くどうにかしないとまた、大勢の犠牲者が出てしまうと考え、ジャスティスリーグのメンバーに助けを求めることとした。

とりあえず、バリーAの同僚たちの部屋を借りて、ジャスティスリーグのメンバーに片っ端から連絡を取ろうとするバリーでしたが、アクアマンは存在せず。他のだれにも連絡がつきません。焦っていると、映画の話になり、そこにいる皆が「バック・トゥ・ザ・フューチャー」の主人公はエリック・ストルツであるといい、バリーは気づかされました。ここは、バリーが元いた世界線とは違う時間軸であると。

ただ、バットマンだけは謎の存在として皆が認知しており存在が確認できた。そのため、バリーたちは次の目的地として、バットマンの住処に向かうことにした。

バットマン居住地に訪れると、古びた屋敷が建っており、ドアが開いていたため、中に入ってブルースと呼びかける。しかし、人気がなく、反応がない。キッチンに入ると、棚に隠れていた老人が急に襲い掛かってきた。何とか攻防しつつ、いると、老人は家具に突っ込み動きを止める。

老人は隠居したバットマンであり、ブルース・ウェインであった。ブルースは「平行世界として存在していた時間軸が過去を変えた時点を支点として時間軸が交差し、支点から過去も未来も変わってしまう。時間の交差はその後も連続し、マルチバースが形成されスパゲティのようにぐちゃぐちゃになる。」という。

バリーはゾッドを倒せるスーパーマンを見つけるためにブルースに協力を要求するが、協力は得られなかった。バリーは自分でどうにかするしかないと考え、バットマンの研究室に侵入し、眠っていたマシンたちを起動して、スーパーマンを探す。

まじめなバリーに対して、現状の深刻さをわかっていないバリーA。ふざけて回るが、それにいらだち、二人は喧嘩になってしまう。バリーはバリーAが母のいる幸せな環境にいるにもかかわらず、その幸せに気づけていない態度に腹を立てていた。冷静になったバリーが謝り、仲直りをする。

その後、ブルースはバリーのもとに行き、バリーの母に対する思いを聞く。それに心ひかれたブルースもまた立ち上がることを一人決意するのであった。寝ているバリーのそばにスーパーマンの資料を置き、起きたバリーはスーパーマンがロシアの秘密軍事基地に収容されている情報を手に入れる。そこにマシンが現れ、バットマンが登場。ロシアに向かいことを告げる。

軍事基地についた一行はばれないように侵入するが、侵入してすぐにばれて攻撃を受ける。敵に追われつつも、内部に侵入していくと、大きな球体がある部屋に到達する。球体の中を捜索するが、スーパーマンの姿は見られなかったが、衰弱した女性が倒れていた。

バリーはほっとけないとして衰弱した女性を担いで逃げることにした。攻撃を防ぎつつ、何とか屋上まで逃げた一行であったが、最後は囲まれてしまった。その時、衰弱していた女性が宙に浮き、スーパーパワーで全員薙ぎ払っていった。

そう、スーパーマンならぬ、スーパーガールであったのだ。

バットマンの屋敷に戻った一行は、スーパーガールに現状を確認する。名前はカーラで、ゾー＝エルの娘であり、カル＝エル（スーパーマン）のいとこにあたると。カル＝エルはクリプトン星の最後の息子であり、カーラはカル＝エルを守る役目であったと。しかし、カル＝エルは地球には到達していないことを伝える。

その時、テレビにゾッド将軍が映り、私を追ってきたのだと事態の悪さを理解する。スーパーガールはゾッド将軍を追って、飛び去ってしまった。

一方、そのころ、バリーは自分が再度能力を獲得する方法について考えていた。出した結論は、能力を得た時と同じ状況を作ることであった。バリーはブルースに頼み、電気椅子の周りに化学薬品を並べ、電気ショックを受けることとした。一度は断るブルースであったが、母が死んだ世界から来たこと、母を救うことの熱意を聞き、バリーに電気ショックを与えることにする。バリーAはその事実を盗み聞きしていた。

スーパーガールはゾッド将軍のもとに着いた。アメリカ軍と接触し、決裂したさなかであり、圧倒的軍事力でアメリカ軍は壊滅させられ、その光景を見たスーパーガールはゾッド将軍討伐を決意する。

バリーの電気ショック実験が始まる。バリーの体は感電でボロボロになっただけで、能力は得られなかった。バリーはボロボロになりながらも、続けて電気ショックを与えることを求める。バリーAは見てられず止めるが、その制止も聞かず、バリーは再度実験に臨む。

その時、スーパーガールが戻ってきて、状況を把握したスーパーガールはバリーを抱えて飛び、雷雲の中に飛び込む。スーパーガールが戻ってきたときにはバリーの体は超速再生を始めており、バリーは能力の再獲得を果たすのであった。

スーパーガールはバリーたちにゾッド将軍討伐の協力を要請し、バリーたち4人はゾッド将軍討伐に向かうことになる。バリーたちは改めて「ジャスティスリーグ」を名乗るのであった。アメリカ軍とゾッド将軍が交戦中のところにバリーたち「ジャスティスリーグ」が参戦する。

スーパーガールはゾッド将軍と、バットマンは幹部と、フラッシュたち（バリーとバリーA）は周囲の雑魚全員とマッチングすることに。バリーAは先頭にまだ慣れていなく、顔面を切りつけられてしまうが、戦いの中で成長し、フラッシュたちが敵陣営を蹂躙する。

スーパーガールはゾッド将軍に接触した際にカル＝エルは地球にたどり着かなかったのではなく、ゾッド将軍に捕まり、DNAを奪われ、殺害されていた事実を教えられる。しかし、そのDNAではクリプトンを復活させることはできず、これに必要なDNAはスーパーガールのDNAであることを教えられる。この事実を聞いたスーパーガールは怒り狂い、ゾッド将軍を圧倒する。

フラッシュたちが敵陣営を蹂躙する中、スーパーガールはゾッド将軍に押され始める。バッドウイングで応戦するバッドマンも幹部の攻撃をくらい墜落しかける。バッドマンはただでは死なないとし、敵母船に追突して敵母船を破壊する代わりに死亡した。押されていたスーパーガールもついにはゾッド将軍に敗北。そのまま、殺されてしまう。

フラッシュたちはその現実も変えるべく、過去を修正するが、またもバッドマンとスーパーガールは殺されてしまう。あきらめがつかないバリーAは何度も何度も過去を修正するが、何度やってもうまくいかない。このままでは、ゾッド将軍を倒すことができず、母を救うことができないことにバリーAは焦りを感じる。

バリーはバリーAにバットマンとスーパーガールの死は時間軸の交差点であり、確定した未来であると、避けられない未来であると伝えるが、バリーAはやめようとしない。なんどもタイムループを繰り返す中で、バリーAの体には戦闘で負った傷が増えていき、鉄片がどんどん刺さっていく。

すると、フラッシュたちのほかにバリーをこの世界に突き落とした黒い何者かが再度タイムループの空間に現れる。バリーを襲うが、バリーAがそれを阻止し、黒い何者かの顔面の鉄片をはがすとそこには自分と同じ顔の傷を持ったものがいた。

つまり、黒い何者の正体は何度も何度もタイムリープを繰り返したバリーAであった。バリーAはタイムリープを繰り返し、どうにか現状を打開しようとしてた。また、バリーが母の救出をあきらめ元の母が死んだ世界に戻すために行動しようとしていることを邪魔しようとしてた。これを繰り返すうちにフラッシュたちがいる次元空間を中心に、ほかの時間軸の次元空間が集合していき、次元空間同士が衝突して、まさに崩壊しようとする。

黒いフラッシュは母を救うため、刃をバリーに投げつけ、殺そうとするが、これを庇ってバリーAが殺されてしまう。そして、黒いフラッシュはバリーAの未来であるため、黒いフラッシュも消失する。

バリーは過去に戻り、母の死を受け入れることを決意し、過去に戻る。過去を元に戻す前に躊躇してしまうが、泣きながらハグをして母に愛してると伝え、かごに入れたトマト缶を元の棚に戻す。

しかし、ここでバリーはあることを思いつく。バリーの父は監視カメラの映像で下を向いてしまっていたため、アリバイを立証できなかったため、トマト缶の棚の位置を上に変えれば、顔が映り、アリバイを立証できるのではないかと。バリーは思い付きを実行します。

現実に戻ってくると、父は勝訴。罪は晴れ、ハッピーエンドですが、帰ってきた世界のバッドマンはジョージ・クルーニーに変わっていました。つまり、帰ってきた現実は元の現実とは結局異なる世界だったのです。